1801年，拉马克发表了专著《无脊椎动物的分类系统》 。这部书将他转入动物学研究近五年的成果进行了概括总结，在世界上第一次提出了进化论的思想，首创了两个科学概念即严脊椎动物”和“无脊椎动物” 。
1809年，《动物哲学》出版了 。这部书奠定了现代无脊椎动物分类的基础，极为系统地表明了进化理论，明确提出了生物进化的学说 。
拉马克是世界最早提出进化论而有条理且合逻辑的人 。
首先，拉马克向神权提出了挑战 。
他认为，生物的进化是阶梯发展的序列，由简单到复杂、由低级到高级 。如果进行动物和植物的分类，必须遵循进化原则 。拉马克指出，生物不是上帝原创的，而是自然本身在其漫长的时间内形成的，由进化而来 。
在进化的过程中，生物树不断分枝分杈，形成一个谱系 。
拉马克提出推动生物进化的力量是内部原因和外部原因共同作用 。其一是物体内部固有的进化倾向，其二是外部环境的影响 。其中内因是大方向，起决定作用，而外因造成了分支，形成谱系 。
拉马克提出“获得性”遗传和“用进废退”的理论 。
比如说长颈鹿，拉马克认为，某种动物，可能是长颈鹿的祖先 。原来这种动物的脖子没有那么长，但是随着环境的变化和它们的主观意志，它们要经常采集树叶，不断地伸长脖子，还有四肢等能使上劲儿的器官也不断地前伸 。
在这个过程中确实有些器官会发生变化，而这种变化会日积月累，在后代身上体现出来，每一代比上一代明显，一代一代就成为今天的样子 。
拉马克提出的动物进化有主观愿望和获得性遗传，在今天看来是不甚科学的 。首先主观性愿望是错误的意识与思维上的认识，至于获得性遗传，没有什么证据表明确实如此 。
但拉马克所含的“用进废退”思想却极其有价值，这种说法引导了很多科学家 。
拉马克的思想打破了“物种不变”的陈旧观念，保守势力、宗教势力勾结在一起反对他 。他意志坚强，相信历史会证明他的价值 。
其实，拉马克在失去卢梭与布丰这样的良师益友之后，便没有多少顺心的日子 。新任园长不过让他做了一名保管员，以他的才能又何止小小的保管员呢？共和国政府增设讲座讲授时，明知他是植物学上的权威，却留下一个最冷最难的动物学教席给拉马克 。
更令人寒心的是居维叶 。他是19世纪初期法国生物学“独裁者”，很有天才但却与政府混得火热 。他持“灾变说”而反对进化论 。居维叶是拉马克一手举荐的，但他处处打击拉马克，已经超出了学术范围 。因为他和官方关系极其密切，热爱科学人才的拿破仑受居维叶影响加上自己的偏见，竟然也当面侮辱拉马克 。
老人77岁时双目失明，这是由于他长期在显微镜下积劳成疾而成 。他在生命的后十年，口述了《无脊椎动物志》最后两卷 。
1829年，伟大而坚强的拉马克走完了他达观开朗而又受苦受难的一生 。他一生贫困，然而又遭受冷落和打击，失去忘年之交的他一生少有知己 。
死后，拉马克连一块像样的墓地也买不上，在贫民窟的公墓草草安葬 。
然而他是正确的，那些保守势力没有做到让世人怀念，只有历史铭刻着他伟大的业绩 。
在1909年，巴黎树立了拉马克的铜像，镌刻了他惟一的亲人——女儿柯尼丽亚的话：“您未完成的事业，后人总会替您继续的，您已取得的成就，后世也总会有人赞赏吧！父亲 。”
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