于是夏克利这个团体处于散伙的危险中 。事实上，几个最先入伙的人早已放弃该实验，另谋高就去了 。剩下的几个人为了稳定队伍，越过夏克利，直接找资助实验室起步的阿罗德·贝克曼，暗示他最好把夏克利从直接管理实验室的位置上撤下来，只当技术顾问 。
虽然夏克利在属下的造反中未被撤职，但造反的失败使这些技术人员觉得该另谋生路了 。在找工作的过程中，他们逐渐组建了自己的公司去完成夏克利原来的目标——制造出具有商业价值的硅晶体管 。
新公司由费切尔德摄影与仪器公司资助，后来它变成了硅谷里几个新公司的母公司 。几乎所有这些现在或早先积极从事半导体技术开发的公司都从它们的创立者费切尔德公司和夏克利公司那里继承到了原始技术 。并非有意地，夏克利对历史上最壮观、最成功的工业领域之一做出了贡献 。
1963年，夏克利离开电子工业，接受了斯坦福大学的聘任 。在那里他开始对人类智力的起源感兴趣，虽然他没有在遗传学或心理学上接受过正式训练 。他开始鼓吹他叫做不良基因学的理论 。他使用美国陆军原始的预测智商数据得出结论：非洲裔美国人与生俱来就不如白种人聪明 。这是一种在门外汉和相关领域的专家中引起广泛争议的分析 。
不过，夏克利用一系列的文章和讲演阐述他那煽动性的思想 。尽管常常被“呸”声和“嘘”声所打断，他顽固地认为补救的教育计划是浪费时间 。他建议智商低于100的个人应自愿做节育手术 。他公开、反复地给一个所谓诺贝尔精液银行捐款，该组织旨在将天才们的基因传递下去 。他还以诽谤罪向亚特兰大《宪章》杂志提出诉讼，索赔125万元，原因是该杂志将他的主张与纳粹的遗传试验相比 。陪审团最后给了他1美元作为损害赔偿金 。他站在不良基因学演讲台上竞选参议员，并且一连竞选了8次 。
【威廉·夏克利：主要发现、理论观点、生平故事、成长经历、成就贡献】可悲的是，当他79岁因癌症去世时，他竟认为他在遗传学上的工作比他在创造13亿美元产值的半导体工业中起到的先导作用更重要 。
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