变种这一术语过去用得很杂，有的指个体变异，有的指群体类型，意义很不明确，在动物分类中已废除不用 。在植物分类中，一般用以区分居群内部的不连续变体 。生态型是生活在一定生境而具有一定生态特征的种内类型，常用于植物分类 。人工选育的动植物种下单元称为品种 。
由于种内、种间变异错综复杂，分类学者对种的划分有时分歧很大 。根据外部形态的异同程度作为划分物种依据而划分的称为形态种，由于对各种形态特征的重要性认识不一，使划分的种因人而异，尤其是分类学者对某些特征的“加权”常使它们比其他特征更具重要性，而造成主观偏见 。
一个物种或物类，以至整个植物界和动物界，都有自己的历史 。研究系统发育就是探索种类之间历史渊源，以阐明亲缘关系，为分类提供理论依据 。尽管在分类学派中有综合(进化)分类学、分支系统学和数值分类学三大流派，但在其基本原理上都有许多共同之处，不过各自强调不同的方面而已 。
特征对比是分类的基本方法 。所谓对比是异同的对比：“异”是区分种类的根据，“同”是合并种类的根据 。分析分类特征，首先要考虑反映共同起源的共同特征 。但有同源和非同源的不同 。例如鸟类的翼和兽类的前肢是同源器管，可以追溯到共同的祖先，是“同源特征” 。恒温在鸟兽是各别起源，并非来自共同祖先，是“非同源特征” 。系统分类采用同源特征，不取非同源性状 。
林奈把生物分为两大类群：固着的植物和行动的动物 。两百多年来，随着科学的发展，人们逐渐发现，这个两界系统存在着不少问题，但直到20世纪50年代，仍为一般教本所遵从，基本没有变动 。
最初的问题产生于中间类型，如眼虫综合了动植物两界的双重特征，既有叶绿体而营光合作用，又能行动而摄取食物 。植物学者把它们列为藻类，称为裸藻；动物学者把它们列为原生动物，称为眼虫 。中间类型是进化的证据，却成为分类的难题 。
为了解决这个难题，在19世纪60年代，人们建议成立一个由低等生物所组成的第三界，取名为原生生物界，包括细菌、藻类、真菌和原生动物 。这个三界系统解决了动植物界限难分的问题，但未被接受，整整100年后，直到20世纪50年代，才开始流行了一段时间，为不少教科书所采用 。
生命的历史经历了几个重要阶段，最初的生命应是非细胞形态的生命，当然，在细胞出现之前，必须有个“非细胞”或“前细胞”的阶段 。病毒就是一类非细胞生物，只是关于它们的来历，是原始类型，还是次生类型，仍未定论 。
从非细胞到细胞是生物发展的第二个重要阶段 。早期的细胞是原核细胞，早期的生物称为原核生物(细苗、蓝藻) 。原核细胞构造简单；没有核膜，没有复杂的细胞器 。
从原核到真核是生物发展的第三个重要阶段 。真核细胞具有核膜，整个细胞分化为细胞核和细胞质两个部分：细胞核内具有复杂的染色体装置，成为遗传中心；细胞质内具有复杂的细胞器结构，成为代谢中心 。由核质分化的真核细胞，其机体水平远远高出于原核细胞 。
从单细胞真核生物到多细胞生物是生命史上的第四个重要阶段 。随着多细胞体形的出现，发展了复杂的组织结构和器官系统，最后产生了高级的被子植物和哺乳动物 。
植物、菌类和动物组成为生态系统的三个环节 。绿色植物是自养生物，是自然界的生产者 。它们通过叶绿素进行光合作用，把无机物质合成有机养料，供应自己，又供应异养生物 。菌类是异养生物，是自然界的分解者 。它们从植物得到食料，又把有机食料分解为无机物质，反过来为植物供应生产原料 。动物亦是异养生物，它们是消费者，是地球上最后出现的一类生物 。
即使没有动物，植物和菌类仍可以存在，因为它们已经具备了自然界物质循环的两个基本环节，能够完成循环过程中合成与分解的统— 。但是，如果没有动物，生物界不可能这样丰富多彩，更不可能产生人类 。植物、菌类和动物代表生物进化的三条路线或三大方向 。
当前最流行的分类是一种五界系统 。五界系统反映了生物进化的三个阶段和多细胞阶段的三个分支，是有纵有横的分类 。它没有包括非细胞形态的病毒在内，也许是因为病毒系统地位不明之故 。它的原生生物界内容庞杂，包括全部原生动物和红藻、褐藻、绿藻以外的其他真核藻类，包括了不同的动物和植物 。
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