袁世凯入狱期间，吴等人继续讲学，后刊汉魏延 。在此期间，我们再次修订了《我的书》，并更改了“检验理论”的标题 。他的作品还被收藏为“张系列”，由上海有文社和浙江图书馆出版了印刷版和木刻版 。1916年6月袁世凯死后，张重获自由，前往上海 。1917年3月，他表示反对段的参战主张 。7月参加护法运动，任海军陆军元帅府秘书长，代表孙中山作《元帅就职宣言》，1918年经四川、湖南、湖北离开广州，东渡上海 。1920年，他支持联合省自治运动 。1922年，他在上海讲学，曹聚仁根据记录整理了《中国学概论》 。
然而，章太炎始终没有放弃对李、吴、孙等新旧军阀势力的期望，反对国民革命军北伐 。1926年4月7日，上海成立反红救国团，章太炎升任主席 。1927年南京国民政府成立后，章太炎采取不合作态度，假扮“民国遗老”，被国民党上海党部通缉 。20世纪30年代以后，活动仅限于上海和苏州 。晚年主张读经，据《春秋》记载“非吾族，心必异”，力劝你对日强硬 。1935年，在蒋介石的支持下，张的国学研究会在苏州路成立，招收了最后一批学生，学术刊物出版 。章太炎晚年治学由汉学转向宋学、王阳明心学，经学成就也更多地关注魏晋经学，着眼于汉代经学的不足，撰写了《汉学》 。他还写了《论存学之弊》批判现代教育制度，主张回归私塾和书院教育 。
1936年6月14日，因窦癌病逝于苏州金范路 。
轶事音标
晚清时期，章太炎与《新世纪报》采访人员吴志辉就汉字的未来问题展开争论，反对在中国使用“通用新语言”(世界语) 。拼音是根据篆书创造的，是汉字初学者保存汉字的一种语音手段 。1914年，他的弟子钱、徐守尚、帮助教育部采用它作为普通话的音标，即今天台湾省仍在使用的音标的前身 。
陶天夏
当时北大的著名教授大多出自章太炎门下，如黄侃、、钱、(鲁迅)、沈建时等 。章太炎是个笑话 。以太平天国为例 。他封黄侃为天王，王栋为东王，朱先生为西王，钱为南王，吴为北王 。
章太炎在台上气势磅礴地做了一场演讲 。他闻名世界，很多人来听讲座，所以组织者只是安排了一个大班来满足听众的需求 。每次章太炎来上课，都有五六个徒弟陪着，包括马有玉、钱等 。，他们都是当时有名的 。章太炎普通话不好，由刘半农翻译，钱板书，马有宇倒茶，盛况空 。章太炎讲课时，张口就说:“你来我班是幸运的，当然也是我的运气 。”
愤怒地骂袁世凯 。
中华人民共和国成立后，袁世凯总统任命章太炎为“东三省边防使”，驻长春，工作人员10人，每月经费3000银元 。当时章太炎对开发东三省颇有野心，同时对袁世凯仍抱有幻想，所以接受了这一任命 。后来才知道自己被袁世凯骗了 。所谓的“提边境特使”只是一个空的名字 。
为了笼络章太炎，袁世凯下令颁二等勋章，并对他说:“清帝退位，革命成功 。大多数参加革命的人现在都很突出，住在洋房里，他们的孩子得到了他们想要的东西 。小君还是一个人 。最近，南方报纸诽谤余，说他要恢复自己的皇帝身份，混淆视听 。我在此以去上海办报的名义给你开一张4万元的支票 。其实你只需要以津贴为由，用上海各大报纸来点缀一下，剩下的大部分都可以由你自由支配 。”
章太炎当时犹豫了一下，但还是接受了 。不离家，越想越不合适 。感觉这4万银元其实是对上海报纸的贿赂 。这样做，连我自己都会被收买，这是一种肮脏的个性 。决不！但是已经被接受了，没有办法处理 。正巧南通的张继径直来见他，说:“听说相城拨款四万元让你在上海办报 。上海共和党出版的《大共和日报》资金短缺 。我既是共和党的发起人 。用这4万块钱维护《大共和日报》，既符合相城在上海办报的要求，又不用你费心 。现在这是一个好计划 。”章太炎想都没想，把那张4万元的支票递给了张即之 。不久，章太炎上书袁世凯，辞去了“东三省举疆使”的名义官职 。
袁世凯就任民国大总统后，邀请各界名流来京议政，章太炎也不例外 。不久，袁世凯称帝的企图日益暴露 。章太炎民主共和的旧理想，实际上被恢复帝制所取代 。宋被刺、二次革命失败、洪宪帝制问世、复辟等一系列事件都使章太炎深感痛心 。1914年2月，章太炎用袁世凯的大勋章当扇子吊坠，在总统府大吵大闹，咒骂袁世凯心怀不轨 。袁世凯被软禁在北京 。
由于章太炎在社会上有相当大的个人影响力，袁世凯并不觉得为难他，反而每月给他500银元，在俘虏中算是“财主”了 。为了表达胸中的愤怒，章太炎竟然在纸上写下了“袁世凯”二字，每天用木棍击打几下 。在他的房间里，八英尺高的宣纸挂着，上面只有“快死”的字样 。这显示了他愤世嫉俗的疯狂个性 。
