有些使用者开始抱怨iTunes Music Store和iTunes的紧密整合导致了购买的音乐没有办法被使用 Mac OS X 或是 Microsoft Windows 以外操作系统的使用者播放 。这些抱怨导致了许多其他的播放程序开始被开发 ， 使用了一些小技巧或是被公开的破解方式 ， 让 iTunes Music Store 的顾客可以使用自己所想用的播放软件或是操作系统 。在这些软件中 ， 最引人注目的是PyMusique ， 苹果电脑公司曾多次想要封锁这套软件但都失败了 。
其他的抱怨来自于他们的音乐只能够在 iTunes 或是 iPod 中轻松的播放 。这些抱怨启发了如 Hymn 这类软件的开发 ， 这些软件可以将已经购买的音乐解密 ， 让他们可以在任何播放器上播放甚至是分享出去 。
其他一些比较小的抱怨像是缺发回复的功能 ， 像是使用者可以重新下载那些不小心丢失的音乐 。iTunes 的许多竞争者就提供了这样的服务 ， 但是 iTunes 只允许重新授权 。
美国的 iPod 主人们当第一次连接他们的 iPod 到电脑上时 ， 他们会被带到一个特殊一次性的 iTunes Music Store 页面 。这个页面目前提供了一个由 Lava 和 Atlantic Records 所免费提供的试听专辑 ， 您可以下载整张专辑或是只下载单首歌 。一个 Universal Records 提供的试听专辑曾经可以在这个页面中找到 ， 而现在可能依然可以透过特殊的网址而取得 。
目前 iTunes Music Store 在以下国家提供服务：美国、英国、法国、德国、奥地利、比利时、芬兰、希腊、爱尔兰、意大利、卢森堡、荷兰、葡萄牙、西班牙、加拿大、丹麦、挪威、瑞典、瑞士、日本、和澳大利亚 。
MiniStore 在iTunes 6.0.2版本中加入 。MiniStore 是在主窗口的底部增加了一个可以显示／隐藏的小窗口 。当用户在曲库中选择了一个条目 ， 条目的相关信息将被送往iTunes商店 ， MiniStore将显示相关的歌曲或者视频 。起初 ， 由于担心这个特性会被用做间谍软件 ， 人们对MiniStore存有争议 。苹果声明MiniStore并没有从用户处获得任何信息并在之后将其作为可选项 。
itunes - Podcast
2005年6月28日发布的4.9版本的iTunes增加了内建Podcasting支持 。用户可以在iTunes Music Store或者通过登陆feed URL订阅podcasts 。订阅了之后 ， podcast将被自动的下载 。用户可以选择每周、每日、每小时或手动更新podcast 。苹果维护了四个“官方的”podcast：Podfinder、Street Official Real Talk、iTunes New Music Tuesday和Apple Quarterly Earning Call 。目录的首页同样显示来自商业广播电台和独立玻壳的引人注目的 Podcast 。要获得关于 Podcasting 的资料 ， 请看外部链接 。
iTunes 6 介绍了对视频播客的支持 ， 尽管video和RSS支持已经非正式的存在于4.9版了 。用户可以通过iTunes Music Store和feed URL订阅RSS feed 。Video podcast不但可以包含可下载的视频文件 ， 而且可以包括流甚至IPTV 。可下载的文件可以传输到新型的iPod上 ， 而且可下载的文件和流可以在苹果新的Front Row媒体中心程序中播放 。
itunes - Itunes U
通过Itunes U可以免费浏览和下载超过 25 万份来自全球范围内的一流大学、知名博物馆、公共广播服务 (PBS) 站和其他文化机构的音频视频文件
itunes - 同步 iPod 与其它播放器
每当一个iPod与它相连时 ， iTunes会自动的同步它的音乐与视频库 。新的曲目与播放列表被自动的复制到iPod上 ， 电脑曲库里删除了的曲目也会在iPod中被删除 。iPod中对曲目的评价将被反馈到iTunes曲库里 ， 有声书将记住最后一次播放的位置 。
自动同步可以关闭 ， 以便手动复制单独的曲目或完整的播放列表；然而 ， iTunes只可以把音乐复制到iPod上却不可以反向进行 ， 这启发了第三方软件支持把音乐从iPod中复制出来 。通过一些软件 ， 在Unix命令行也可以做这一工作 。
当与电脑相连的iPod没有足够的剩余空间来同步iTunes中的曲库时 ， 将会创建一个与相连的iPod同名的播放列表 。这个播放列表可以被用户更改已填充可用的空间 。
与其他应用程序整合
iTunes与苹果电脑Macintosh中的Mac OS X操作系统下的数位生活套装软件 iLife和其专业文案制作套装软件 iWork能够紧密配合无间 。这些苹果电脑软件套装下的各个成员都可以直接的读取iTunes数据库里的播放清单和MP3文档 。iTunes下的音乐文件档可以直接地植入Pages 的文件里或用于提供配乐给iWeb、iDVD、 iMovie和Keynote下的制作 。GarageBand所制作和输出的音档文件会自动地写入iTunes的数据库里 。同时Front Row也是从iTunes和iPhoto中读取数据 ， 所以iTunes因此也能与FrontRow配合无间 。
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