游戏有两个结局：
【孤胆枪手2结局】1、是将磁碟交给贝克将军，则贝克将军会将磁碟据为已有，这位野心家想独自控制怪物，但却被杀，地球走向灭亡 。游戏结束；
2、假如无视贝克将军入洞，则进入里关，先与贝克将军对决，杀之，然后总BOSS出现杀掉后，地图最左上角有一条小路，可以找到被抓来的女计算机专家，磁碟被破坏，没有人知道如何控制怪物了，失去BOSS领导的怪物被打散，然后人类将他们全部消灭 。
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