根据上述指导思想和原则，编制全国主体功能区规划要妥善处理好几个方面的关系 。
一是处理好开发与发展的关系 。发展是硬道理，发展必须建立在科学合理、有序适度开发的基础上 。我国正处于工业化、城镇化加速发展的阶段，编制实施全国主体功能区规划，就是要在大规模开发过程中，既明确优化开发、重点开发区域，又根据资源环境承载能力划定限制、禁止开发区域，实现又好又快发展 。
二是处理好政府与市场的关系 。全国主体功能区规划是政府对国土空间开发的战略设计和总体布局，体现了国家战略意图，政府应当根据主体功能区的定位合理配置公共资源，同时要充分发挥市场配置资源的基础性作用，完善法律法规和区域政策，综合运用各种手段，引导市场主体的行为符合主体功能区的定位 。
三是处理好局部与全局的关系 。推进形成主体功能区是从全局利益出发，谋求国家和人民的整体利益、长远利益的最大化，要做到局部服从全局，全局兼顾局部 。
四是处理好主体功能与其他功能的关系 。主体功能区要突出主要功能和主导作用，同时不排斥其他辅助或附属功能 。
优化开发和重点开发区域的主体功能是集聚经济和人口，但其中也要有生态区、农业区、旅游休闲区等；限制开发区域的主体功能是保护生态环境，但在生态和资源环境可承受的范围内也可以发展特色产业，适度开发矿产资源 。
五是处理好行政区与主体功能区的关系 。编制主体功能区规划，需要打破行政区界限，改变完全按行政区制定区域政策和绩效评价的方法，同时，主体功能区规划的实施，也需要依托一定层级的行政区 。
六是处理好各类主体功能区之间的关系 。各类主体功能区之间要分工协作，相互促进 。优化开发区域要通过向重点开发区域转移产业，减轻人口、资源大规模跨区域流动和生态环境的压力；
重点开发区域要促进产业集群发展，增强承接限制开发和禁止开发区域超载人口的能力；限制开发、禁止开发区域要通过生态建设和环境保护，提高生态环境承载能力，逐步成为全国或区域性的生态屏障和自然文化保护区域 。
七是处理好保持稳定与动态调整的关系 。主体功能区一经确定，不能随意更改 。禁止开发区域要严格依法保护；限制开发区域要坚持保护优先，逐步扩大范围；重点开发区域可根据经济社会发展和资源环境承载能力的变化，适时调整为优化开发区域 。
参考资料：行政 （汉语词语）-百度百科
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