引发手足口病的肠道病毒有20多种（型），柯萨奇病毒A组的16、4、5、9、10型，B组的2、5型，以及肠道病毒71型均为手足口病较常见的病原体，其中以柯萨奇病毒A16型（Cox A16）和肠道病毒71型（EV 71）最为常见 。手足口病的传染源是患者和隐性感染者 。
流行期间，患者是主要传染源 。患者在发病1~2周自咽部排出病毒，约3~5周从粪便中排出病毒，疱疹液中含大量病毒，破溃时病毒即溢出 。
带毒者和轻型散发病例是流行间歇和流行期的主要传染源 。该病传播方式多样，以通过人群密切接触传播为主 。
病毒可通过唾液、疱疹液、粪便等污染的手、毛巾、手绢、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、内衣等引起间接接触传播；患者咽喉分泌物及唾液中的病毒可通过飞沫传播；如接触被病毒污染的水源，亦可经水感染；门诊交叉感染和口腔器械消毒不合格亦是造成传播的原因之一 。人群对引起手足口病的肠道病毒普遍易感，感染后可获得免疫力 。
由于不同病原型别感染后抗体缺乏交叉保护力，因此，人群可反复感染发病成人大多已通过隐性感染获得相应抗体，因此，手足口病的患者主要为学龄前儿童，尤以≤3岁年龄组发病率最高 。据国外文献报道，每隔2~3年在人群中可流行一次 。
预防原则 （一）加强监测，提高监测敏感性是控制本病流行的关键 。及时采集合格标本，明确病原学诊断； （二）做好疫情报告，及时发现病人，积极采取预防措施，防止疾病蔓延扩散； （三）托幼机构做好晨间体检，发现疑似病人，及时隔离治疗； （四）被污染的日用品及食具等应消毒，患儿粪便及排泄物用3%漂白粉澄清液浸泡，衣物置阳光下暴晒，室内保持通风换气； （五）流行时， 做好环境、食品卫生和个人卫生； （六）饭前便后要洗手，预防病从口入； （七）家长尽量少让孩子到拥挤公共场所，减少被感染机会； （八）注意婴幼儿的营养、休息，避免日光曝晒，防止过度疲劳，降低机体抵抗力； （九）医院加强预诊，设立专门诊室，严防交叉感染 。
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