主要区别是，性质不同、评分标准不同、服务水平不同，具体如下：
一、性质不同
1、三级医院
三级医院，即三级乙等医院，相当于地区性医院 。医院的等级划分是根据医院的规模（大小，人员配备，硬件设施，科研能力）来分的 。分一级、二级、三级三个等级 。每个等级又有甲、乙、丙三等 。现实中三级乙等医院是仅次于三级甲等医院的优质大医院 。
2、三甲医院
三级甲等医院（简称三甲医院）是依照中国现行《医院分级管理办法》等的规定划分的医疗机构级别，是中国内地对医院实行“三级六等”的划分等级中的最高级别 。
二、评分标准不同
1、三级医院
医院等级评定，实行1000分制，750分－900分评为三级乙等 。
2、三甲医院
按分等评分标准获得超过900分 。
三、服务水平不同
1、三级医院
提供地区仅次于三级甲等的医疗卫生服务 。
2、三甲医院
【三级合格和三级甲等的区别 三级合格和三级甲等的区别？】提供地区最高水平的医疗卫生服务 。
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