三、区别羁束行政程序与自由裁量行政程序
羁束行政程序，是指法律明确规定了行为的形式、步骤、顺序、时限和适用条件，行政机关必须严格按照法定要求加以遵循的程序，如较大数额罚款的听证程序等 。行政程序大多为羁束程序，违反羁束程序往往构成程序违法，行政行为应予撤销或确认违法；由于行政事务纷繁复杂，特定条件下法律亦允许行政机关自行权衡并选择行为的步骤、顺序和形式，此类为自由裁量程序 。例如，《工商行政管理机关行政处罚程序暂行规定》第三十九条规定，工商行政管理机关实施行政处罚前，告知相对人拟作出处罚的事实、理由、依据和享有的陈述、申辩、听证权利时，可以采取口头形式告知，也可以采取书面形式告知 。在不违背法律授权目的和行政程序基本原则的前提下，行政机关对自由裁量程序的选择不构成违法 。
四、区别授益行政行为程序与负担行政行为程序
以行政行为对相对人所造成影响之利与不利为标准，可以把行政行为分为授益行政行为与负担行政行为 。对于那些赋予相对人某种权益，或解除其某项义务的授益行政行为，如行政许可、发放救济、减免税金、行政奖励等，基于对相对人信赖利益的保护，虽程序有缺陷或违法，但如果实体正确，相对人保留该权益符合法定条件，或相对人因该授益行政行为的作出而采取了相应行动，致使撤销该行为可能使相对人处于极不利的境地时，除非相对人有欺诈、贿赂等重大过错，授益行为不应撤销，程序问题应由行政机关补正 。例如，规划许可行为程序违法，但实体上符合城市规划，或相对人依该许可已投入大量资金开工建设，撤销许可将导致不可挽回的损失，行政行为均不应撤销 。负担行政行为则以剥夺、限制行政相对人某种权益，或以附加某项义务为内容，如行政处罚、行政强制、行政征收等，程序违法往往不利于相对人权益保护，应予撤销或确认违法 。
五、区别重大程序瑕疵与轻微程序瑕疵
程序瑕疵直接影响行政行为内容完整或直接影响相对人权益的，为重大程序瑕疵 。重大程序瑕疵直接影响行政行为的效力，被诉行政行为一般应予撤销或确认违法；轻微程序瑕疵对相对人权益不会产生实质影响或影响极小，不影响行政行为内容的完整性，因而不影响行政行为效力 。
如行政处罚法第三十四条规定，依简易程序作出当场处罚时，执法人员当场向当事人交付的格式处罚决定书，应当载明当事人的违法行为、行政处罚依据、罚款数额、时间、地点以及行政机关名称，并由执法人员签名或者盖章 。当场交付的处罚决定书未载明当事人的违法行为或行政处罚依据等事项的，直接影响行政行为内容的完整，影响当事人权益，属于重大瑕疵，处罚决定应予撤销；如仅仅缺少执法人员签名，不影响处罚决定的内容完整，对当事人影响极小，属轻微瑕疵，不影响处罚决定效力 。
六、考虑国家利益和社会公共利益的保护
行政行为程序违法，但撤销该行为不利于国家利益或社会公共利益的，不应撤销 。如因国家大型工程的征地，征用程序违法，撤销征用行为可能造成损害国家利益或社会公共利益，不宜采用，应作出“情势判决”，确认其违法而不予撤销，使其仍保持效力，同时判令行政机关补正，造成损害的依法判决承担赔偿责任 。
需要指出的是，某些行政行为虽有程序违法情形而不撤销或宣告无效，行政行为效力不受影响，这并非意味着这种程序违法行为就不受追究 。
现代法治要求违法必究，一切程序违法行为均应追究其法律责任 。只是基于程序价值之考虑，对程序违法应区分不同情况分别处理，不能陷入形式主义，一律予以撤销或宣告无效，以免影响行政效率，也有碍于相对人权益保护 。行政行为程序违法虽未撤销或宣告无效，行为效力不受影响，但应承担其他法律责任 。如行政处罚法第五十五条、行政复议法第三十四条均规定，程序违法的，由上级机关或有关部门责令改正；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分 。人民法院也可以据此发出司法建议 。
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