同工酶技术不仅逐渐应用于微管类植物的分类，在苔藓植物中也越来越受到重视 。邵林祥、郭水良等利用SOD和EST同工酶对19种具有优势配子体的苔藓植物进行了研究，并对它们的种间关系进行了整理 。结果表明，苔藓植物具有较高的遗传多样性，可以直接有效地反映苔藓植物类群间的系统关系 。同工酶技术不仅可用于品种分类，还可用于品种鉴定 。目前，由于大部分分类植物品种长期引种、命名不规范，以及新品种不断涌现，同音异义现象十分严重，直接影响优良品种的推广和育种工作的开展 。因此，及时识别每个品种是非常必要的 。利用同工酶技术鉴定果树品种已被许多学者采用 。罗、王万双等[26]利用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了不同柿子品种的过氧化物酶(POX)、α-淀粉酶(α-Amy)和超氧化物歧化酶(SOD)同工酶 。对69个参试品种的17组3类同工酶谱带的分析结果表明:(1)23个品种的8组同工酶鉴定结果与形态鉴定结果一致；(2)有两组4个品种的鉴定结果与形态鉴定完全不一致 。
【花卉品种分类的研究概况】
然而，同工酶分子标记存在一些不足，同工酶多态性较低 。其次，同工酶结果不是很稳定，容易受到环境、采样位置、发育阶段等因素的影响 。此外，两个不同的基因位点可能编码具有相同电泳迁移率的酶，导致假同源性 。同时，电泳技术一般局限于结构基因编码的水溶性蛋白质，其中电泳只能检测影响电泳迁移率的蛋白质，因此同工酶总是低估了物种间的实际差异 。
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