1882年夏天 ， 贝耶尔认真思考了费雪跟随自己多年的研究情况 ， 认为费雪在学术上已经有比较深的造诣了 ， 应该到外面去闯一闯 ， 独立创业 。贝耶尔把费雪请到办公室 ， 开门见山地说：“这几年你的工作很有成效 ， 不过我认为你还是应该接触更多的人 ， 到别的地方去求发展 。”但是费雪舍不得离开老师 ， 一再请求留下来工作 。
贝耶尔看着自己心爱的学生 ， 恳切地讲：“费雪 ， 你听我说 ， 我心里非常清楚 ， 你在有机化学上的造诣已经比我深了 ， 该出去自己闯一闯了 ， 别在这里白白耗费时间了 。”费雪深受感动 ， 这是老师的一片苦心 ， 只有加倍努力 ， 创造出新的成绩才能不辜负老师的厚望 。
在贝耶尔的推荐下 ， 1882年费雪被聘为下厄南津大学化学系有机化学教授 ， 开始从事嘌呤族的研究 。1885年转任维尔茨堡大学教授 ， 在这里他进行糖类的研究 ， 并继续做嘌呤族的研究 。1892年他来到柏林大学工作 ， 在阐明糖类的结构方面作出了重大贡献 ， 并合成了葡萄糖、果糖、甘露糖等 。解决糖的结构是当时有机化学中最困难的问题之一 ， 费雪成功地解决了这个难题 。这时他在有机化学方面的研究成果已经超过了他的老师贝耶尔 ， 并且得到了国际上的承认 。由于费雪成功地解决了糖的结构以及在嘌呤衍生物、肽等方面的研究成果 ， 1902年 ， 在他50岁时荣获了诺贝尔化学奖 。
费雪获得诺贝尔奖以后 ， 仍然不懈努力 ， 并于1914年第一个合成核苷酸 。他又被提名为诺贝尔生理学及医学奖候选人 ， 但评奖委员会认为“再授予他奖金很难说是恰当的” ， 因而没有选上 。”
1919年7月15日 ， 埃米尔·费雪因患癌症在柏林去世 ， 享年67岁 。
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