里奥用黑客手段进入了学校网站数据库，把最漂亮的女孩都安排住进了他们宿舍那一层 。就这样爱丽丝（Alice）进入了萨姆的生活 。
萨姆和里奥去参加派对，萨姆总是产生幻觉，看到一些奇怪的符号（象形文字），他试图把符号画在蛋糕上 。爱丽丝拉他去跳舞，这时萨姆听到了外面有熟悉的汽车声，他出去一看是大黄蜂，大黄蜂带萨姆去了一个墓地，擎天柱也在那里 。他们警告萨姆说魔方碎片被偷了，并提出让萨姆作为汽车人的发言人 。萨姆不太愿意，他想过正常的生活，他也不知道自己能做什么，因为擎天柱都说服不了那些人他又怎么能做到呢？擎天柱相信萨姆，没有强迫他 。
第五幕：海底
机器狗和医生潜入大洋海底，把魔方碎片插入威震天让他复活了 。
第六幕：课堂
瑞恩·威尔森（Rainn Wilson）扮演的萨姆的教授正在上课，萨姆打开书开始速读，然后又出现了幻觉，发癫的他冲上讲台画上奇怪符号，发表了很多高论，如爱因斯坦是错的、宇宙是如何形成的等等，最后他被赶出课堂，跑到图书馆里看一本他祖父的书 。
第七幕：太空
威震天变成赛伯坦星球飞机的形态离开地球，前往另一个星球（可能是火星） 。他在那里见到了正在等他的红蜘蛛（Starscream）还有堕落金刚 。和堕落金刚在一起威震天也只能俯首称臣，它们俩的关系类似“星战”里的西斯大帝和黑武士达斯维达 。堕落金刚说有办法再造一个魔方，威震天说魔方已经被摧毁了，堕落金刚反问他一句“你不是也一样吗” 。堕落金刚告诉威震天，萨姆知道那个埋藏“领导模块”的地点，并要他们立刻找到他 。威震天想拥有“Primes”们的力量，堕落金刚许诺会满足他，于是15个霸天虎出发跟着威震天和红蜘蛛前往地球，而此时萨姆早已在霸天虎的监视之下 。
第八幕：米凯拉的摩托车行
米凯拉发现了老在周围晃悠的转轮，转轮供认说堕落金刚命令他获取藏在碎片里的知识，米凯拉把转轮关了起来，带着他去找萨姆 。[编辑本段]第九幕：萨姆的大学
爱丽丝在萨姆的寝室，把萨姆逼近了墙角，正要亲他时米凯拉赶到了 。在走廊里的里奥在电视里看到了一个机器人和爱丽丝长得一样，原来爱丽丝是受霸天虎操控的、来自迪士尼乐园的人形机器人 。经过一番争斗，萨姆、米凯拉、里奥坐上车，逃离了宿舍 。在这种紧张气氛下，里奥还不忘打哈哈，问萨姆是不是从未来被派来拯救他自己的（《终结者》笑话），正说笑间米凯拉开车猛撞到了电线杆，“吻别"爱丽丝,从她身上轧了过去 。然而他们还没来得及庆幸就被一架霸天虎的直升机机器人抓住了 。
第十幕：工厂
红蜘蛛把萨姆他们的车劈成了两半，威震天对萨姆说：“还记得我么？我可记得你 。”然后他们开始折磨萨姆，蛛形机器人“医生”用一把钢锯从萨姆脑子里获取情报 。就在此时擎天柱和大黄蜂及时赶到，救下了萨姆他们，然后开打，一直打到工厂外面的树林里 。擎天柱问威震天堕落金刚是谁，威震天说他来了你就知道了 。擎天柱一人和3个霸天虎大战，最后被威震天从背后刺杀，铁皮、救护车和双胞胎机器人赶到后，霸天虎才离开 。
这场大战后，汽车人把萨姆屏蔽了起来，霸天虎们再也找不到他了，于是他们求助于声波，声波以威震天的名义给每个地球人广播了一条消息，把变形金刚的事情公之于众，威胁人类说如果他们在一个太阳周期内不能找出那个男孩，霸天虎就一个接一个的摧毁城市 。萨姆的父母正好在巴黎度假，看到这个后惊慌失措 。
第十一幕：NEST总部
擎天柱死了，国家安全协会也解散了NEST组织 。萨姆感到了自责，他后悔当初没有答应擎天柱的请求 。他仍然被那些奇怪符号的幻觉所困扰，他写下了那些符号，双胞胎机器人认出那是“Primes”们的语言，而里奥也说他在“机器战士”的网站上看到过这样的字符 。于是他们去找“机器战士”，没想到他就是西蒙斯（Simmons）——第一集的特工，现在在他母亲的熟食店帮工 。西蒙斯告诉他们，其实变形金刚很早以前就来到地球了，并带他们到地下室看资料萨姆说威震天坚信地球上有另外的能量来源，汽车人们都无能为力，因为这对他们来说也太古老了，米凯拉突然想起自己抓住的霸天虎转轮，于是决定从他嘴里探取情报 。转轮告诉他们地球上有一些古老的变形金刚叫做“Seekers”（寻找者），但不清楚他们在寻找什么，只知道他们既不是汽车人也不是霸天虎，转轮定位了10个“Seekers”，最近的一个在华盛顿特区 。。（这一节较搞笑）
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