一直到1864年平定太平天国之乱后，清朝局势才好转，国力有所恢复，但此时清王朝的外部格局已颇为不妙，频繁入侵中国边疆，而侵略的，首当其冲的是日本！
1874年，牡丹社爆发 。
这是个啥事呢？简单说一下吧，荷兰人，明郑和清的地区，仅仅限于西部平原，在山脉以东那是未汉化原住民生活的山地，对于这一地区清并没有加以管辖，反而严禁进入，以免生事 。
那么，这一片是不是清朝版图呢？这个问题非常有意思，按照现代的情况，一个对于自己的疆域如何管理，那完全是自己的事情，所谓“绝对”，但这其实是源于“威斯特伐利亚体系”，而在19世纪的时候，清朝本质只是一个“中世纪”，对的概念是比较模糊的，清朝当时的观念还是传统上的“天下”，对于东部，清的概念相当含糊 。
这一带的原住民相当彪悍，1871年（日本明治4年，清朝同治10年）10月18日，一艘琉球向中国上供的船只回程时遇到，漂东部，54人被原住民误杀…
这个事情和日本有什么关系吗？这个琉球其实从明朝开始就是中国的藩属国，但中国没怎么管他，1609年，当时日本的摩藩侵略了琉球，琉球实际上被日本控制，日本明治维新后对琉球的控制越发加强，1871年日本明治“废藩置县”时，摩藩改为鹿儿岛县，原本为摩藩属的琉球王国被改隶于鹿儿岛县，1872年日本单方废止琉球王国，设置“琉球藩” 。
所以，1873年跑去找清朝交涉，说清朝杀了日本臣民，清王朝当然觉得莫名其妙，大臣毛昶熙答复：“二岛（琉球与）俱我属土，属土之人相杀，裁次固在于我，我恤琉人，自有措置，何预贵国事，而烦为过问？
就是说，关你毛事？
但是尴尬的是，那艘琉球船上有4个，日本追问： “贵国既然已知抚恤琉球民，为何不惩办台番？”
毛昶熙表示，者是化外生番，日方以此为由，1874年对东部出兵了，史称“牡丹社”！
设立的墓碑
这使得清朝非常尴尬，嚷嚷着，清朝说了，这岛东部是化外生番，我东部和清朝没有关系，清朝极为愤怒：东部的土地我只是没有管理而已！而日本当时内政混乱，远征军无法适应的气候，病死一大半，境况也不好 。
最终中日双方一番扯皮，中国花了50万两银子摆平了这件事，承认了全岛都属于中国，但是同时，硬是说中国已经承认琉球 日本（清朝承认日本出兵的正当性是因为遇难者中有4个，面解释为清朝承认遇难的琉球归日本管），1879年吞并了琉球 。
此时清朝算是明白了，对不能再浑浑噩噩了，的事情必须要处理一下，同治13年（1874年）5月份，沈葆桢受命为钦差大臣处理牡丹社后续，撤兵后，沈葆桢提出多项治台方略，朝廷批准，继任者福建省巡抚丁日昌于1876年来继续推行革新，自翌年光绪元年（1875年）之后，清廷兼采“巩固海防（沿海、）”与“塞防（、）”之国策，对治理转入积极 。
沈葆桢于1874年于台南海滨所建亿载金城（二鲲鯓炮台），为清廷力图振作的产物 。
首先《渡台禁令》全废，不仅如此，还要大力经营，鼓励闽粤居民来台开垦，开辟八通关古道等道路加强后山（东部）防御，向东开拓，开山抚番！
清王朝积极经营十年，到了1884年风云再起，中法战争爆发，而成为当时两个主战场之一，1884年六月，清朝授与前直隶陆路提督刘铭传巡抚头衔，使其负责的行政与军务（以福建巡抚身份督办军务） 。
中法战争时期，清王朝表现相对不错，法国始终没有在取得绝对优势，战后，的重要性进一步凸显，对于该怎么办呢？
其实在1874年牡丹社后，清朝对于加大对的经营已达成共识，但如何加大呢？当时分两派意见，丁日昌等人主张派重臣督办即可，袁保恒（刑部侍郎）等人则主张要建省 。最后在李鸿章力言建省并非妥策，且沈葆桢提到“别设一省，苦于器局未成，彼此相依，不能离而为二”（建省时机不成熟，经济依附于福建）的情况下，最后决定不建省 。
但中法战争后，重要性进一步凸显，“建省派”再占上风，钦差大臣左宗棠上奏赞同过去袁保恒建省的提议，表示“惟有如袁保恒所请，福建巡抚改为巡抚，所有台澎一切应办事宜，概归该抚一手经理，庶事有专责，于台防善后大有裨益”，中法战争期间到督办军务的刘铭传也决心要辞去“福建巡抚”一职，专注于建设 。
光绪十一年九月初五（1885年10月12日），慈禧太后和军机大臣、各国事务衙门大臣会同议奏的结果，颁诏决定：“为南洋门户，关系紧要；自应因时变通，以资控制 。着将福建巡抚改为巡抚，常川驻扎；福建巡抚事，即着闽浙总督兼管 。所有一切改设事宜，该督详细筹议，奏明 。”
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