区别如下：
1、最主要的差别是贷款利率，从目前的市场利率来看，公积金的利率要比商贷的低，自然用公积金贷款会更实惠 。
2、然后还有额度 。公积金贷款通常会有限额，比如我们这，如果是第二套房，可能只可以贷30万，而商贷相比额度要更灵活一些，能申请到更大的贷款总额 。
3、公积金贷款可以用夫妻双方的名义一起贷，还可以两方的公积金一起贷款，商贷一般都是以个人名义贷款 。
4、公积金的贷款利率全国各地都一样的，而商贷不同，不同银行可能会有不一样的的政策，各地也会有上下浮动的空间 。具体得跟办理贷款业务的银行去谈 。
住房公积金主要性质：
【买房用公积金贷款和不用公积金贷款的区别 买房用公积金和不用公积金的区别是什么？】（1）保障性，建立职工住房公积金制度，为职工较快、较好地解决住房问题提供了保障 。
（2）互助性，建立住房公积金制度能够有效地建立和形成有房职工帮助无房职工的机制和渠道，而住房公积金在资金方面为无房职工提供了帮助，体现了职工住房公积金的互助性 。
（3）长期性，每一个城镇在职职工自参加工作之日起至退休或者终止劳动关系的这一段时间内，都必须缴纳个人住房公积金；职工所在单位也应按规定为职工补助缴存住房公积金 。
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