首先方舟子打假初衷不是为了打假 。
刚开始提出韩寒代笔的是麦田，韩寒气愤，悬赏2000万谁能找出他代笔证据 。当时很多人让打假斗士方舟子给韩寒打假，方舟子明确表示没兴趣，但发了一条微博，大意是代笔正常，但没必要拿出来说 。后来麦田道歉，韩寒接受麦田道歉的同时也调侃了方舟子，大意说他秃顶，方舟子才正式开始针对韩寒 。
其次打假证据不充分，早期主观臆测，中期错别字，后期造谣污蔑
早期方舟子提出的证据都是以主观臆测为主，比如韩寒在求医一文中说自己得了疥疮看病，是个刚毕业的医生，韩寒在文中称医生为姑娘 。方舟子说那个病状不是疥疮，更符合韩寒父亲读大学得过的肝炎，而且只有韩父这个年纪才会叫人家姑娘，所以是韩父代笔 。另外一文中韩寒说上课睡着了，证据看似很多，猛一看很多说服力，但经不起推敲，韩寒写的是小说，你一定要说他写的太假，太空，太不切实际，不符合初中生高中生，都说的通，但因此就直接断定代笔就说不通 。
韩寒晒了手稿后，方舟子就开始全面针对错别字的打假，说三重门那么大的长篇小说没有大面积的修改和删减所以是代笔，有几页太干净没有错别字所以是抄的，有几页错别字太多是因为抄累了所以错误百出，有些错别字成语太简单都写错，所以韩寒水平很差，写不出这些文章 。单看其实也是挺有道理的，但放一起岂不是方舟子自己打自己脸，又说不是人家自己写的，又说人家写的太差所以没那水平，有错别字是代笔，没错别字也是代笔，太干净或不干净都是代笔 。
【方舟子打假韩寒事件为什么会在微博骂的那么惨？】后期就开始造谣污蔑，这时候不仅是针对文章，也开始打假身高 。从最初的铁证164，到铁证165到铁证168再到铁证170，转发PS韩寒为杀人犯的照片，转发PS薛六等帮韩的名人为猪头的照片，造谣作业本消失是因为和韩寒合二为一，造谣韩寒不仅穿增高鞋还戴增高头套，转发一些卖增高鞋和假发套的广告，转发多张PS韩寒各种增高图片，甚至把毫无关联的上海高考题也和韩寒牵扯起来 。
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