一怒之下，麦哲伦带着自己的探险计划去了当时的另一个海上强国西班牙 。1518年3月，西班牙国王接见了麦哲伦 。麦哲伦向国王详细讲述了他在东方的所见所闻以及他对香料群岛的了解 。麦哲伦拿出一个地球仪，告诉
国王一直向西航行，寻找去香料群岛的最短路线 。当时，葡萄牙和西班牙为争夺海外殖民地展开了激烈的斗争 。西班牙国王立即批准了麦哲伦的计划，授予麦哲伦上将军衔，以便攫取香料群岛的肥肉 。
经过几个月的忙碌工作，麦哲伦购买了五艘船，包括圣安东尼奥号、特立尼达号(麦哲伦船队的旗舰)、康塞普西翁号、维多利亚号和圣地亚哥号 。因为航程辽阔，不知道在海上漂泊需要多长时间，所以麦哲伦船上有足够两年的食物和淡水 。他还带来了许多廉价的西方手工艺品，如镜子和铃铛 。
他知道在东方，他可以得到国王需要的香料和黄金 。
1519年9月20日，麦哲伦率领由5艘船和265名船员组成的探险船队，从巴拉梅达港起航，开始了人类历史上第一次环球航行 。麦哲伦的船队离开几天后，一艘快船追上了他，麦哲伦的朋友给他寄去了一封密函 。信中告诉他，葡萄牙间谍混入了远航舰队，并要求他小心 。信中指出，间谍的首领是圣安东尼奥的船长卡尔塔海纳 。麦哲伦克制住了自己的愤怒，他的意思是
明知道你的处境很艰难，你要等时机成熟再去对付这些间谍 。
那年11月底，麦哲伦的船队横渡大西洋，到达了南美洲的巴西海岸 。麦哲伦命令船队继续向南，寻找通往南海的航道，从而穿越南海，前往香料群岛 。
几个月过去了，他们还是没有找到频道 。此时南半球的深冬即将来临，风浪越来越大 。3月底，船队找到了一个安静的港湾，麦哲伦决定在这里过冬 。他称之为“三朱利安”港 。这个地区很荒凉，寒风凛冽，没有食物充饥 。为了节省粮食，麦哲伦下令减少粮食，一些船员变得不满 。那些葡萄牙间谍利用这些船员的不满，要求增加口粮，甚至公开表示放弃寻找海峡，返回西班牙 。麦哲伦坚定地表示，一定有一条通往南海的航道，没有它他永远也回不来了 。他还耐心地劝船员不要为粮食发愁，只要口粮定量供应，整个航程就能得到保障 。而且，在靠泊期间，可以捕捉鸟类和鱼类来补充食物 。
麦哲伦的话稳定了军队的士气 。当间谍们看到一个计划失败后，他们又催生了另一个计划，并秘密加紧策划新的阴谋 。
4月1日，康塞普西翁号船长凯萨达、维多利亚号船长门多萨和被麦哲伦解职的圣安东尼奥号前船长卡尔·塔尼亚领导的叛军发动了兵变 。当晚，凯萨达和卡尔塔海纳带领30名武装船员前往圣安东尼奥 。凯达一登船就拔出匕首，威胁梅斯基塔船长，强迫梅斯基塔服从他的命令 。马斯奎塔告诉他回到自己的船上，不要带武装人员去别人的船上 。凯达当场要求手下把马斯奎塔绑起来 。然后，卡尔塔海纳去了康塞普西翁 。
去指挥吧，凯萨达会留在圣安东尼奥看梅斯基塔 。加上门多萨控制的维多利亚号，叛军控制了整个舰队五分之三的船只 。三位叛军首领联合通知麦哲伦，他们已经控制了这三艘船和所有附属于它们的船只，并要求按照国王的命令与他们讨论一些事情 。麦哲伦知道，如果他去他们的船上，他会被他们杀死 。于是，他把他们叫到旗舰“特立尼达号” 。这几个人做贼心虚，于是派使者去找麦哲伦，坚持要他去“圣安东尼奥”进行咨询 。
麦哲伦果断决定用武力解决叛乱 。首先，他让手下拖走圣安东尼奥派来送信的船，让叛军搞不清细节 。然后，他告诉他的安全官员这个和这个 。
这名安全官员带领六名武装船员，乘船前往维多利亚号，将麦哲伦的私人信件交给门多萨 。缅甸多萨傲慢地读着麦哲伦的信，脸上带着假笑 。他想，你麦哲伦已经离死亡很近了 。你还能做什么？没想到，刚念了几个字，保安突然冲上去，一把抓住他的头发，拔出匕首，刺进他的喉咙，当场刺死他 。这时，麦哲伦前来迎接的15名武装船员也登上了维多利亚号 。门萨的人看到了一个亲切的微笑，这让他们不敢反抗 。麦哲伦的安全官立即要求他的船员拉起船帆，驾驶维多利亚号驶向旗舰 。
与此同时，麦哲伦又派出了另一名心腹，带领一些武装船只悄悄登上了没有被叛军占领的圣地亚哥号，并把它开到旗舰一侧 。就这样，麦哲伦控制了三艘船，扭转了局势，对抗叛军 。麦克米伦命令三艘船封锁河口 。停！
切断叛军的退路 。凯达和卡塔希纳等了很久，但是寄信的船没有回来 。他们觉得可能是阴天 。
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