南宋孝宗淳熙十三年（1186年），宋慈出生于一个官吏家庭 。父亲宋巩，曾做过广州节度推官 。宋慈少年授教于同乡吴稚门下，吴稚是朱熹的弟子，因此，宋慈有机会与当时有名的学者交往 。朱熹便是程朱理学的开创人之一 。
程朱理学，在宋朝时一度盛行 。这是一个庞大完整而又十分精致的唯心主义思想体系，是程颢、朱熹等人发展出来的儒家流派 。程朱理学认为理是宇宙万物的起源（从不同的角度认识，它有不同的名称，如天、道、上帝等），而且它是善的，它将善赋予人便成为本性，将善赋予社会便成为“礼”，而人在世界万物纷扰交错中，很容易迷失自己“理”的本性，社会也便失去“礼” 。宋理宗（1225—1264年）在位时，程朱理学被抬到至高无上的地位，成为不可争议的官方统治思想 。其代表人物程颢、朱熹等被分别谥为“纯公”、“文公”，并从祀孔子庙，荣耀至极，可见此时理学影响之大 。宋、元、明、清时期，历代统治者多将程颢朱熹的理学思想扶为官方统治思想，程朱理学也因此成为人们日常言行的是非标准和行为准则 。
在南宋以后六百多年的历史进程中，程朱理学在促进人们的理论思维、教育人们知书识理、陶冶人们的情操、维护社会稳定、推动历史进步等方面发挥了积极的作用 。同时，它对中国封建社会后期的历史和文化发展也有巨大的负面影响 。不少人把程朱理学视为猎取功名的敲门砖，他们死抱一字一义的说教，致使理学发展越来越脱离实际，成为于世无补的空言，成为束缚人们手脚的教条，成为“以理杀人”的工具，从而反映出它的阶级和时代的局限性 。
【宋慈：格物穷理的治学思想】作为当时著名理学大师朱熹的同乡和后学，宋慈少年时期就曾受过理学的系统教育和长期熏陶 。而宋慈的父亲为他取名慈，字惠父 。“慈惠父”三字可以这样解释：期望他将来成为一个恩德慈及百姓、贤名垂于青史的父母官 。这样的家教或者说家族理想的力量也是不可忽略的 。
二十岁那年，宋慈考进太学 。当时主持太学的朱熹再传弟子真德秀发现宋慈的文章出自内心，流露出真情实感，因此，对他十分器重 。被真德秀所赏识的宋慈后来便拜真德秀为师 。真德秀对于宋慈学业的进步与后来的思想都有相当的影响 。中进士后，宋慈又多年为官 。按照常情，这样的人一定具有浓厚的理学唯心主义，然而宋慈在法医学理论上和实践中所表现出来的却是唯物主义倾向，他不但没有空洞的理学唯心主义的说教，而且大力提倡求实求真精神 。程朱理学认为，“合天地万物而言，只是一个理”，而人心之体又体现了理或天理，“心之全体，湛然虚明，万理具足”，“心包万理，万理具于一心”，这就是说，心中什么理都有，无须外求 。如按此行事，根本不要了解外界现实情况，只要苦思冥想就可以了 。
而宋慈却反其道而行之，他把朱熹具有唯心主义倾向的“格物穷理”之说变成唯物主义的认识论原则，不是向内心“穷理”，而是向实际求真 。
宋慈的求实求真精神表现在他成为刑法官以后对尸体的具体检验方面 。宋慈一生二十余载的官宦生涯中，先后担任四次高级刑法官，长期的司刑狱工作，使他积累了丰富的法医检验经验 。他认为检验尸体，即给死者诊断死因，技术性一定要很强，在一定程度上更难于为活人诊病 。这就要求刑法官不仅要有良好的思想品德，而且必须具备深厚的医药学基础，把握许多科学知识和方法 。
儒者出身的宋慈，本无医药学及其他相关科学知识 。为弥补这一不足，他一方面刻苦研读医药著作，把有关的生理、病理、药理、毒理知识及诊察方法运用于检验死伤的实际；另一方面，他认真总结前人的经验，目的就是为了防止因审判和检验不当而造成的失误 。在多年的检验实践中，力求检验方法的多样性和科学性，在此方面可谓不遗余力 。
当时州县官府往往把人命关天的刑狱之事委之于没有实际经验的新入选的官员或武人，这些人易于受到欺蒙，加之其中有的人怕苦畏脏，又不对案情进行实地检验，或虽到案发地点，但都嫌尸体恶臭避而远之，因而难免判断失误，以至黑白颠倒，是非混淆，冤狱丛生 。身为刑狱之官，宋慈对这种现象深恶痛绝，强烈反对 。他在审理过程中，强调以人民生命为重，以实事求是为原则 。他说：“我只是一个执法官，并没有其他的特长，但对于案件，却不敢有一丝一毫的懈怠之心 。”这一表白，确是他多年为刑狱之官认真态度的写照 。他尤为重视对案情的实际检验，认为：狱讼案件中没有比判处死刑更严重的了，判处死刑最看重的是搞清案件的真情，搞清案件的真情没有比做好伤、病、尸体的检查验证更要紧的了 。因为被告的生死存亡、出罪入罪的最初依据、蒙冤昭雪的关键都由此而决定 。
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