三、衰亡时期：万历后期至明亡 。万历后期，因神宗怠政，数十年不问政事，他厌倦了频繁上谏的官员，对于他们的奏疏，神宗是不闻不问，既不惩罚，也不过问，因此廷杖遂一度废置不用 。到了天启年间，因魏忠贤擅权，廷杖被再次起用，但此时较之正德、嘉靖年间，廷杖的使用频率相对减少，规模也相对变小 。
之所以到万历后期，廷杖会减少，甚至是废置，究其原因在于：首先，明后期皇帝大多都不问朝政，所谓“英、宪以后，钦恤之意微，侦伺之风炽，巨恶大憝，案积如山，而旨从中下，纵之不问，或本无死理，而片纸付诏狱，为祸尤烈 。故综明代刑法大略，而以厂卫终之” 。其次，明朝皇帝也逐渐认识到廷杖的危害，不想激化与士大夫的矛盾，因此廷杖的使用逐渐减少 。
当然，无论明朝的廷杖的次数、范围呈现出怎样的特性，终明一朝，廷杖不绝于史，这确是事实 。明代的廷杖除了在建文、永乐、弘治等三朝被禁用外，其余时期，哪怕是在仁、宣这两个明君当政的朝代，廷杖都从未停止过 。
那很多人或许就不明白，明朝的皇帝为什么就那么喜欢对官员实施廷杖的刑罚呢？
一、重典治吏 。众所周知，明代开国皇帝朱元璋起自寒微，年幼时就因贪官污吏的剥削，致使家破人亡，因此他自登基后，鉴于元末纲纪废弛，吏治腐败而导致民不聊生，国破家亡的教训，朱元璋称帝后就将“重典吏治”作为一项基本国策，朱元璋认为，前朝之所以贪腐遍地，究其原因就在于朝廷对官吏“失之宽大而不知检”，因此对百官实施严格的监察，使用严苛的刑罚来震慑住文武百官那蠢蠢欲动的贪污之心 。
而廷杖就是朱元璋实施“重典治吏”过程所使用的一种专门针对官员的刑罚，其目的就是借着廷杖这带有侮辱性，甚至是血淋淋的手段，来使百官畏法惧祸，最终变成如犬羊一样，任由皇帝驱使 。洪武八年，刑部主事茹太素上万言书，劝谏洪武要慎杀，从而惹怒洪武，被其下令当殿杖打，自此廷杖遂大行其道，愈演愈烈，被杖死者众多，如朱元璋侄子朱文正、工部尚书薛祥等皆被廷杖而死 。此后，朱元璋所实施的廷杖，被其子孙当作祖制延续了下去，且使用的更为频繁，范围更为广泛，是有过之而无不及 。
二、廷杖更加方便明朝皇帝对于官员的惩戒 。廷杖非《大明律》中所包含的刑罚，也就是说它是法外之法，它的使用不受任何条款的约束，如此，正因廷杖的这种特性，所以它是十分受到想要对付不听话官员的皇帝的欢迎 。首先，廷杖是法外之法，因此它对皇帝是毫无约束力，皇帝对它的使用不需要一系列的原则和依据，是否执行完全取决于皇帝的意志，皇帝是否执行，执行轻重，完全由皇帝自己自行决定 。如此，廷杖的这种随机性与任意性，可谓是大大方便了那些怠政，不喜谏言的明朝皇帝的胡作非为 。
其次，廷杖可让明朝皇帝直接使用 。明代，其要惩戒罪犯，要先交由刑部进行审讯，然后再送往大理寺进行复核，同时在整个审讯的过程中都要接受都察院的监督，有时候遇到重大案件，还要进行刑部、大理寺、都察院三司会审，此后在完成以上的过程后，才能对罪犯进行相应的惩戒 。在这过程中，所需要的时间是较长的，而这就不是皇帝所能等待的 。如此，廷杖这种法外之刑，它自然就深受皇帝的喜爱，这种没有明文列于法律条文之上的刑罚，它无需刑部、大理寺和都察院的同意，只要皇帝乐意，它就能随时随地的实施 。
三、明朝皇帝多是不按常理出牌的主 。纵观中国二千余年的封建史，明朝是出奇葩皇帝最多的一个朝代，有喜欢奶妈的皇帝，有喜欢蟋蟀的皇帝，有喜欢做木工的皇帝，有喜欢封自己为大将军的皇帝，从这些习惯可以看出，明朝皇帝多是不按常理出牌的主，可以说都是性格独立，肆意妄为的皇帝，因此，这也就不难理解，为何明朝皇帝会习惯性的对官员实行这样带有侮辱性的廷杖之刑 。
同时，明朝皇帝自朱元璋开始，他们的关系就与百官十分紧张，多是瞧不起百官，只是将他们视为供自己驱使的犬羊，如朱元璋就曾对一位大臣说：“金杯同汝饮，白刃不相饶”；武宗朱厚照也曾公开指斥大臣：“朝臣坏事者十常六七，先生辈亦自知之”；崇祯帝朱由检也曾在一次朝会中与群臣说过：“文武各官朕未尝不信用，谁肯打起精神实心做事，只是一味獴徇诿饰” 。如此，试问就是这样瞧不起百官的明朝皇帝，他们岂能不滥用廷杖这个可以让自己肆无忌惮的惩戒百官的刑罚呢？
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