合同纠纷保存证据应该对《合同书》及有关协议，以及当事人约定纳入合同内容的有关资料完整保存 。在合同履行过程中当事人向对方履行了合同的证据要保存 。在合同履行过程中向对方发送的告知、通知、提出的异议 。
【法律依据】
《民事诉讼法》第六十三条规定，证据包括：
【如何保存合同纠纷的证据】（一）当事人的陈述；
（二）书证；
（三）物证；
（四）视听资料；
（五）电子数据；
（六）证人证言；
（七）鉴定意见；
（八）勘验笔录 。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据 。
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