【菌群失衡易导致患病】
同宏观生态系统一样，肠道微生态系统也应保持平衡，这种平衡对于人体健康至关重要，如果肠道微生态平衡被打破，人体或将患病 。例如滥用抗生素常使肠道菌群失调导致腹泻，严重者还可发展为难治的伪膜性肠炎 。抗生素是把双刃剑，能杀死致病菌同样也能杀死很多正常的肠道微生物，继而容易发生肠道微生态失衡 。
也还有许多研究表明肠道微生物失调与自身免疫性疾病、肠易激综合征、肥胖、糖尿病等疾病的发生有关，甚至有研究表明肥胖与肠道内菌群的改变有直接关系 。
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